内視鏡手術ではおなかに5ミリから2センチ程度の小さな穴を開け、そこから内視鏡と細い手術器具をおなかの中に入れて手術を行います。おなかの中には二酸化炭素ガスを注入し、ふくらませることにより手術に必要なスペースを確保します。内視鏡は胃カメラのような器具ですが、この手術専用のものは腹腔鏡（ふくくうきょう）と呼ばれています。腹腔鏡にはCCDと呼ばれるカメラを取り付け、おなかの中の様子をモニターに映し出します。外科医はこのモニター上の二次元の世界で手術を進めます。内視鏡手術では平面的な映像を見ながら手術をするため、日常ものを立体的に見て暮らしている私たちにとって、難しい作業を強いられることになります。このため手術器具の円滑な操作は容易ではなく、特に糸を結ぶといった複雑な手技は熟練を要します。しかし一方で内視鏡により拡大された精細な視野のもとで正確な手術が行えることはメリットと言えます。

内視鏡手術では従来の手術に比べ、非常に小さなきずで手術を行うため、術後の痛みが軽くなります。もちろん見た目にもきずが小さいので、美容的な効果もあります。しかし本当はもっと重要なメリットがあります。それは胃腸が眠らないということです。閉鎖された空間で手術を行うことにより、胃や腸などの内臓が空気に触れることがありませんから、術後の胃腸の働きは、迅速に回復します。手術直後から腸の動きの回復が見られる場合もあるほどです。このため内視鏡手術の術後は食事の摂取がスムーズなことが多く、栄養状態の回復が非常に良いのです。これが内視鏡手術が身体の負担を減らしている主な要因です。身体の負担が少ないことを私たちは低侵襲（ていしんしゅう）と呼んでいます。
このほか、内視鏡手術では、術後の癒着が少なく、腸閉そくの発生率が低いというメリットもあります。免疫力の低下が防げるというデータも報告されています。